市农业农村局下辖1个代管正县级事业单位和6个直属事业单位，分别是：

市农业农村事业发展中心（正县级，市农业农村局代管，挂市农业农村综合改革试验区服务中心牌子）

市农业农机技术推广中心（副县级，挂山东省农业广播电视学校枣庄市分校牌子）

市畜牧渔业事业发展中心（副县级，挂市动物疫病预防控制中心牌子）

市农业科学研究院（副县级）

市农业综合执法支队（副县级）

市良种繁育场（正科级差额事业单位）

市棉花原种繁育场（正科级自收自支事业单位）